Nga viti 1998 – 2005, për forcimin e kontrollit te brendshëm në administratën shtetërore, për rritjen e eficençës dhe të përgjegjësisë në zbatimin e akteve ligjore e nënligjore, u krijua Drejtoria e Kontrollit te Brendshëm dhe Administrativ. Kjo drejtori u krijua me Vendimin nr.731, datë 11.11.1998 të Këshillit të Ministrave "Për krijimin e Drejtorisë së Kontrollit të Brendshëm Administrativ", i ndryshuar, dhe më pas u kompletua me komptenca në fushën e antikorrupsionit me Urdhrin Nr. 252, datë 23.9.2002 të Kryeministrit "Për riorganizimin dhe funksionimin e grupit të monitorimit antikorrupsion" Drejtor i kësaj strukture ka qënë Z. Astrit Sinani.

Nga viti 2006-2013, në Këshillin e Ministrave, ka funksionuar Departamenti i Kontrollit të Brendshëm, Administrativ dhe Antikorrupsion i cili ka qënë struktura përgjegjëse për kontrollin e brendshëm administrativ dhe antikorrupsionin në institucionet dhe entet publike të përcaktuara në rregullore e krijimit të tij. Vendimi Nr. 94, datë 15.2.2006 "Për miratimin e rregullores për funksionet dhe proçedurat e kontrollit të brendshëm administrativ dhe antikorrupsion të Këshillit të Ministarve" ka përcaktuar dhe funksionet dhe veprimtarinë e tij departamenti duke ristrukturuar Drejtorinë e Kontrollit te Brendshëm dhe Administrativ dhe ndryshuar emërtesën e tij. Departamenti gjatë këtyre viteve është drejtuar nga Z. Enkelejd Alibeaj (2006 - 2008), Z. Oerd Bylykbashi (2008 - 2010) dhe Z. Ivi Kaso (2010 - 2013).

Aktualisht, në Këshillin e Ministrave funksionon Njësia e Kontrollit të Brendshëm dhe Antikorrupsion në Departamentin e Legjislacionit, Monitorimit të Programeve dhe Antikorrupsionit, e krijuar si e tillë pas ristrukturimit dhe ndryshimit të emërtesës së Departamentit të Kontrollit të Brendshëm, Administrativ dhe Antikorrupsion, në nëntor të 2013. Kjo njësi drejtohet nga Z. Ergys Hoxha dhe përbëhet nga 8 inspektorë (lutemi të shikoni organigramën). Ajo ka për mission të kryejë verifikimin (hetimin administrativ) e zbatimit të ligjshmërisë dhe/ose kallëzimeve për praktika abuzive, korruptive a arbitrare, të identifikojë punonjësit e administratës publike, të cilët, me veprime apo mosveprime kanë kryer shkelje te akteve ligjore/nënligjore në fuqi, të përgatisë rekomandime për çështjet përfshi edhe llojin e masave ndaj autorëve, si dhe të ndërgjegjësojë insitucionet publike në luftë kundër korrupsionit.