Misioni i Inspektoratit Kombëtar të Mbrojtjes së Territorit është kontrolli, mbrojtja e territorit dhe e peizazhit nga ndërhyrjet dhe zhvillimet e kundërligjshme, duke garantuar një zhvillim të qëndrueshëm e të sigurt në fushën e zhvillimit, të planifikimit, të mbrojtjes së territorit, të tokës, të ajrit, të ujërave dhe të pyjeve, të disiplinimit të punimeve në ndërtim, të produkteve të ndërtimit, si dhe në fushën e menaxhimit të integruar të burimeve ujore.